生物系統(tǒng)工程系前身是浙江大學(xué)農(nóng)機(jī)系，創(chuàng)建于1960年，是我國(guó)南方農(nóng)業(yè)院校中最早建立的工科系專(zhuān)業(yè)之一。1986年更名為“農(nóng)業(yè)工程系”，2002年更名為“生物系統(tǒng)工程系”。本系中具有“農(nóng)業(yè)工程系”一級(jí)學(xué)科博士學(xué)位授予權(quán)和博士后流動(dòng)站，擁有“生物系統(tǒng)工程”、“農(nóng)業(yè)機(jī)械化工程”、“農(nóng)業(yè)水利工程”、“農(nóng)業(yè)電氣化與自動(dòng)化”博士點(diǎn)、碩士點(diǎn)和“生物系統(tǒng)工程”等等相關(guān)本科專(zhuān)業(yè)，其中農(nóng)業(yè)機(jī)械化工程學(xué)科為農(nóng)業(yè)部重點(diǎn)學(xué)科。目前在農(nóng)業(yè)生物生產(chǎn)機(jī)電工程、生物系統(tǒng)信息采集與管理、生物物料加工工程、供用電技術(shù)、水環(huán)境與控制工程、生物資源綜合處理利用等領(lǐng)域和方向上已形成顯明的特色和優(yōu)勢(shì)。目前與美國(guó)Illinois州立大學(xué)、美國(guó) Margland州立大學(xué)、美國(guó)Arkansas州立大學(xué)、美國(guó)Mechigan州立大學(xué)、東京農(nóng)工大學(xué)等等世界著名大學(xué)的相關(guān)院系建立了良好的科研合作和學(xué)術(shù)交流關(guān)系。
本系擁有雄厚的師資力量，有教授5人、博士生導(dǎo)師3人，副教授22人。在教師中獲教育部高校青年教師獎(jiǎng)獲得者1人、入選國(guó)家的百千萬(wàn)一、二層次人才1 人、浙江省“151”人才工程3人、浙江省“新世紀(jì)151人才工程”重點(diǎn)資助人員1人、浙江省中青年學(xué)術(shù)帶頭人 2人、浙江省自然科學(xué)基金人才基金1人、浙江省突出貢獻(xiàn)的中青年科技人員1人，獲浙江省青年科技獎(jiǎng)1人，獲中國(guó)農(nóng)業(yè)工程青年獎(jiǎng) 3 人。較多教師在重要學(xué)術(shù)團(tuán)體擔(dān)任要職，當(dāng)任全國(guó)一級(jí)學(xué)會(huì)副理事長(zhǎng)2人次、常務(wù)理事和理事11人次;當(dāng)任全國(guó)二級(jí)學(xué)會(huì)副理事長(zhǎng)10人次、常務(wù)理事和理事20 人次;當(dāng)任浙江省級(jí)學(xué)會(huì)理事長(zhǎng)1人、副理事長(zhǎng)2人、常務(wù)理事和理事20多人次; 一級(jí)學(xué)報(bào)編委會(huì)4人次，其中副主任1 人;其它學(xué)術(shù)刊物編委會(huì)9人次。
近五年來(lái)，共承擔(dān)了國(guó)家、浙江省及地方政府和企業(yè)委托項(xiàng)目80多項(xiàng)。在科研項(xiàng)目中有國(guó)家 “863”項(xiàng)目2項(xiàng)、國(guó)家自然科學(xué)基金8項(xiàng)、國(guó)家科委其它項(xiàng)目2 項(xiàng)、浙江省科技攻關(guān)重大招標(biāo)項(xiàng)目2項(xiàng)、浙江省自然科學(xué)基金人才基金項(xiàng)目1項(xiàng)、中國(guó)高校博士點(diǎn)基金1項(xiàng)、國(guó)際合作項(xiàng)目5項(xiàng)、浙江省自然科學(xué)基金12項(xiàng)、浙江省科委重點(diǎn)項(xiàng)目6項(xiàng)、農(nóng)業(yè)部項(xiàng)目4項(xiàng)。獲各級(jí)獎(jiǎng)勵(lì)成果36項(xiàng)，其中省部級(jí)以上獎(jiǎng)11項(xiàng)。出版教材7種，發(fā)表學(xué)術(shù)論文400余篇，被SCI收錄論文10篇、 EI收錄14篇。近五年來(lái)，技術(shù)轉(zhuǎn)讓22項(xiàng), 獲國(guó)家專(zhuān)利29項(xiàng)，創(chuàng)直接社會(huì)經(jīng)濟(jì)效益十多億元。
本系面向國(guó)內(nèi)外招收博士后研究生、博士生、碩士生、本科生、專(zhuān)科生和高級(jí)進(jìn)修生。自從建系立以來(lái)，共為國(guó)內(nèi)外培養(yǎng)專(zhuān)業(yè)技術(shù)人才4000余人，其中博士研究生和碩士研究生200余人，本科生1400余人、留學(xué)生20余人。
圍繞學(xué)校建成“具有世界先進(jìn)水平的研究型、綜合型、創(chuàng)新型的一流大學(xué)”的思路，在學(xué)院領(lǐng)導(dǎo)下本系提出建設(shè)“一流專(zhuān)業(yè)和學(xué)科”的奮斗目標(biāo)。大力推進(jìn)“生物系統(tǒng)工程”與“工程科學(xué)”、“生物學(xué)科”、“信息學(xué)科”、“控制學(xué)科”等的交叉、融合和創(chuàng)新，促進(jìn)形成新的科研優(yōu)勢(shì)和特色,在培養(yǎng)具有很強(qiáng)生物科學(xué)知識(shí)背景的高級(jí)工程技術(shù)人才上和推進(jìn)產(chǎn)業(yè)化經(jīng)營(yíng)、專(zhuān)業(yè)化分工、規(guī)�；a(chǎn)、區(qū)域化布局和提高資源綜合開(kāi)發(fā)利用率中發(fā)揮出巨大的作用。