2007年，教育部公布新的國家重點學科名單。本輪國家重點學科建設首次設立一級學科國家重點學科。清華大學，北京協和醫(yī)學院—清華大學醫(yī)學部共有一級學科國家重點學科22個，二級學科國家重點學科15個，國家重點（培育）學科2個。名單如下：
一級學科國家重點學科（22個）：
數學
物理學
生物學
力學
機械工程
光學工程
材料科學與工程
動力工程及工程熱物理
電氣工程
電子科學與技術
信息與通信工程
控制科學與工程
計算機科學與技術
建筑學
土木工程
水利工程
化學工程與技術
核科學與技術
生物醫(yī)學工程
管理科學與工程
工商管理
藥學

二級學科國家重點學科（15個）：

數量經濟學
設計藝術學
專門史
分析化學
精密儀器及機械
環(huán)境工程
免疫學
病理學與病理生理學
內科學
皮膚病與性病學
影像醫(yī)學與核醫(yī)學
外科學（骨外、胸心外）
婦產科學
腫瘤學
麻醉學

國家重點（培育）學科（2個）：
物理化學（含化學物理），外科學（普外）