土木水利學院成立于2000年，其前身是土木工程系和水利水電工程系。
　　土木工程系成立于1926年,是清華大學歷史最悠久的系科之一。當時，系內分為結構、鐵路及道路、水利、市政衛(wèi)生四個科,培養(yǎng)了很多優(yōu)秀人才。1952年全國高校院系調整時，在水利學科的基礎上成立了水利工程系，設河川及水力發(fā)電站建筑、水力動力裝置專業(yè)。土木工程系設工業(yè)與民用建筑、建筑施工、給排水、暖通、建筑材料五個專業(yè)。
　　60年代土木工程系和建筑系曾一度合并為土木建筑系，1970年改稱建筑工程系。1980年建筑工程系分成建筑系、土木與環(huán)境工程系。1984年給排水專業(yè)分離后，恢復了土木工程系，同年水利工程系更名為水利水電工程系。1986年土木工程系增設“建筑管理”專業(yè)。
　　2000年，為適應形勢的需要，在土木工程系和水利水電工程系的基礎上成立了土木水利學院，并在兩系各自的工程管理相關專業(yè)的基礎上成立了建設管理系。
　　土木水利學院的成立，形成了“按一級學科建系，按二級學科建所，按相關一級學科群建院”的學科布局。在人才培養(yǎng)上，土木工程、水利水電工程、工程管理三個專業(yè)共同形成“工程技術加工程管理”的人才培養(yǎng)模式。在科學研究上，重視基礎研究、注重工程應用、適應國家需求、推動學科發(fā)展。