20世紀50年代末，在全國“大辦農(nóng)業(yè)，大辦糧食”熱潮中，為適應上海經(jīng)濟發(fā)展和文化建設的需要，上海市委作出了建立上海農(nóng)學院(上海交通大學農(nóng)業(yè)與生物學院前身)的決定。1959年，上海農(nóng)學院應運而生，校址設在松江縣(現(xiàn)松江區(qū))城北。這是上海市歷史上的第一所由地方政府主辦的高等農(nóng)業(yè)院校，掀開了上海高等農(nóng)業(yè)教育的新篇章。1963年8月，因國家出現(xiàn)經(jīng)濟、財政困難，上海農(nóng)學院停辦。1978年10月，上海農(nóng)學院在上�？h七寶(現(xiàn)屬閔行區(qū))恢復重建。1999年9月，上海農(nóng)學院并入上海交通大學，成立上海交通大學農(nóng)學院。2002年3月，更名為上海交通大學農(nóng)業(yè)與生物學院。2009年5月，進入教育部、農(nóng)業(yè)部合作共建全國八所涉農(nóng)高校行列。
并校以來，學院緊密圍繞“創(chuàng)建世界一流農(nóng)科”戰(zhàn)略主線，形成并確立了“以農(nóng)為本、需求牽引、特色發(fā)展、爭創(chuàng)一流”的辦學指導思想，著力加強學科建設、培養(yǎng)與引進高層次人才，努力提高辦學層次、提升人才培養(yǎng)質(zhì)量，各項事業(yè)取得了跨越式發(fā)展。學院現(xiàn)有全日制本科專業(yè)5個(植物科學與技術(shù)、動物科學、園林、資源環(huán)境科學、食品科學與工程)，一級學科碩士學位授權(quán)點7個(園藝學、畜牧學、生態(tài)學、食品科學與工程、風景園林學、植物保護、農(nóng)業(yè)工程)，二級學科碩士學位授權(quán)點2個(預防獸醫(yī)學、作物遺傳育種)，一級學科博士學位授權(quán)點3個(園藝學、生態(tài)學、生物醫(yī)學工程)，專業(yè)碩士學位授權(quán)點4個(農(nóng)業(yè)推廣、獸醫(yī)、風景園林、食品工程)。擁有上海市重點學科1個(蔬菜學)，建有蔬菜學、生態(tài)學博士后科研流動站。教職工215人(專任教師135人)，其中正高職稱教師 50人，副高職稱教師56人，具有博士學位的教師124人(海外博士28人)，一年以上海外學習經(jīng)歷的教師94人，“長江學者”特聘教授1人，講席教授6人。截至2013年9月，全日制在校生1084人，其中本科生603人、研究生481人(博士生178人)。
學院堅持走“頂天”、“立地”“一體兩翼”式發(fā)展道路，以農(nóng)業(yè)與生物學院為實體，利用學校多學科優(yōu)勢，注重與工科、理科、醫(yī)科和管理學科的交叉融合，努力打造高層次的“頂天”科技創(chuàng)新隊伍，致力于農(nóng)業(yè)應用基礎研究和開發(fā)研究，為農(nóng)業(yè)技術(shù)創(chuàng)新提供源頭;以掛靠學院的上海交通大學新農(nóng)村發(fā)展研究院為載體，探索農(nóng)業(yè)科技推廣專兼職隊伍長效機制，加快建設高水平的“立地”農(nóng)業(yè)科技推廣隊伍，專注于農(nóng)業(yè)科研成果的轉(zhuǎn)化和推廣，為國家的農(nóng)業(yè)現(xiàn)代化和社會主義新農(nóng)村建設服務。學院圍繞現(xiàn)代農(nóng)業(yè)與人類健康，著力加強農(nóng)業(yè)科技創(chuàng)新、農(nóng)業(yè)科技推廣平臺基地建設，不斷提升科研水平和質(zhì)量，在農(nóng)業(yè)優(yōu)質(zhì)新品種與資源利用、食品安全與營養(yǎng)、農(nóng)業(yè)環(huán)境與生態(tài)安全保障、人獸共患疫病的防控、園林生態(tài)與景觀等多個方向形成特色�，F(xiàn)擁有新農(nóng)村發(fā)展研究院(國家級)、農(nóng)業(yè)部都市農(nóng)業(yè)(南方)重點實驗室、上海市獸醫(yī)生物技術(shù)重點實驗室、上海市食品安全工程技術(shù)研究中心等國家級、省部級研究基地。近三年(2011-2013)，科研到位經(jīng)費總計 2.1億元，獲批千萬級國家項目3項，國家自然科學基金立項資助項目56項(重點項目2項);發(fā)表SCI/EI論文433篇，專利授權(quán)(含軟件著作權(quán))194項，新品種審定24項。以我院為第一完成單位獲國家科技進步獎二等獎1項，教育部科技進步一等獎2項，上海市科技進步二等獎1項。
學院積極探索綜合性大學農(nóng)科創(chuàng)新人才培養(yǎng)模式，高度重視學生創(chuàng)新精神和實踐能力培養(yǎng)。2009年，我院改革本科生招生辦法，啟動實施提前批次招生，與上海市農(nóng)委簽訂聯(lián)合培養(yǎng)農(nóng)科人才協(xié)議，定向培養(yǎng)新農(nóng)村建設高端人才。2008、2010、2012年，學院學生牽頭組建的創(chuàng)業(yè)計劃項目連續(xù)三屆闖入“挑戰(zhàn)杯” (第六、第七、第八)中國大學生創(chuàng)業(yè)計劃大賽決賽，摘得2金1銀佳績;2011年，推薦的科技創(chuàng)新項目獲第十二屆“挑戰(zhàn)杯”全國大學生科技作品競賽二等獎;2011、2012、2013年連續(xù)三年獲評團中央暑期社會實踐重點團隊(2012年囊括學校僅有的2支團中央重點團隊)，獲評上海市大學生暑期社會實踐活動優(yōu)秀項目獎多項，2012年獲評交大唯一的上海市社會實踐最佳項目獎。
學院不斷深化對外合作與交流，先后與美國康奈爾大學、羅格斯大學、普渡大學、英國諾丁漢大學、英國皇家獸醫(yī)學院、荷蘭瓦格寧根大學、日本千葉大學、京都大學等30多個世界知名學校和科研機構(gòu)建立了良好的合作關(guān)系。建有中美食品安全聯(lián)合研究中心(科技部注冊)、交大- 復旦- 諾丁漢植物生物技術(shù)研發(fā)中心、上海交通大學陸伯勛食品安全研究中心、上海交通大學-普渡大學惠斯特勒碳水化合物聯(lián)合研究中心等國際科研合作機構(gòu)。2004 年，學院率先與全球農(nóng)科排名第一的美國康奈爾大學農(nóng)業(yè)與生命學院形成戰(zhàn)略伙伴，后分別與羅格斯大學、普渡大學等知名院校簽訂了學生聯(lián)合培養(yǎng)協(xié)議。目前，已有20余名本科生通過2+2項目獲得了雙學位，并順利進入耶魯大學、布朗大學等常青藤大學攻讀碩士、博士學位。學院還與日本住友化學株式會社、美國食品飲料和消費品制造商協(xié)會等世界知名企業(yè)簽署了合作意向書，開展生態(tài)農(nóng)場和食品安全領(lǐng)域的合作。
風雨兼程自強不息，承前啟后再創(chuàng)輝煌。展望未來，學院將堅持“以農(nóng)為本、需求牽引、特色發(fā)展、爭創(chuàng)一流”的辦學指導思想，努力實現(xiàn)創(chuàng)建世界一流農(nóng)科的戰(zhàn)略目標，通過學科、組織、人員三大結(jié)構(gòu)調(diào)整，以未來國家農(nóng)業(yè)發(fā)展的重大科技問題和戰(zhàn)略需求為導向，以創(chuàng)新的系所矩陣式混合組織結(jié)構(gòu)、團隊制管理模式為核心，以“一體兩翼”的結(jié)構(gòu)模式，“頂天”、“立地”兩支隊伍為抓手，深化內(nèi)涵和質(zhì)量建設，凝練學科梯隊，構(gòu)建創(chuàng)新平臺，加速推動跨越式發(fā)展，力爭早日躋身國內(nèi)外高水平農(nóng)科院校前列。